MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d

Total Repeats: 192

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018303	TCG	2	6	48	53	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_018303	CGG	2	6	77	82	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_018303	CGA	2	6	118	123	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_018303	GCG	2	6	191	196	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_018303	GCC	2	6	225	230	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_018303	CGT	2	6	251	256	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_018303	CGG	2	6	263	268	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_018303	CCA	2	6	286	291	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_018303	GCG	2	6	316	321	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_018303	CAG	2	6	461	466	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_018303	GAT	2	6	467	472	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018303	GC	3	6	477	482	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
13	NC_018303	GCG	2	6	496	501	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_018303	TGA	2	6	514	519	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018303	TCGG	2	8	540	547	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_018303	GCC	2	6	4007	4012	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_018303	GAT	2	6	4063	4068	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018303	AATC	2	8	4097	4104	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_018303	CTC	2	6	4964	4969	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_018303	GTC	2	6	4972	4977	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_018303	GCC	2	6	5769	5774	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_018303	CAG	2	6	5781	5786	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_018303	CT	3	6	5828	5833	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_018303	C	6	6	7053	7058	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
25	NC_018303	AGG	2	6	7066	7071	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018303	AAG	2	6	7076	7081	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018303	TCA	2	6	7129	7134	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_018303	CGG	2	6	7213	7218	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_018303	CGC	2	6	7842	7847	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_018303	CGC	2	6	8576	8581	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_018303	TCA	2	6	8588	8593	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_018303	AAT	2	6	8724	8729	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018303	TGG	2	6	8744	8749	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018303	GCT	2	6	8752	8757	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_018303	GT	3	6	8787	8792	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018303	TGA	2	6	8825	8830	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018303	GCTG	2	8	8839	8846	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_018303	CCG	2	6	9356	9361	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_018303	TTC	2	6	9372	9377	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_018303	TGC	2	6	9976	9981	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_018303	TAT	2	6	10041	10046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018303	TGA	2	6	10103	10108	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018303	CAC	2	6	11602	11607	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_018303	GTT	2	6	11683	11688	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018303	AAT	2	6	11957	11962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018303	CTC	2	6	11963	11968	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_018303	TCG	2	6	11973	11978	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_018303	CAC	2	6	12023	12028	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_018303	GCA	2	6	12079	12084	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_018303	GCC	2	6	12787	12792	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_018303	TCG	2	6	12807	12812	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_018303	CTC	2	6	12823	12828	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_018303	AGG	2	6	13039	13044	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018303	CCA	2	6	13055	13060	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_018303	CAT	2	6	13109	13114	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_018303	GCT	2	6	13123	13128	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_018303	AGA	2	6	13164	13169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018303	AG	3	6	13180	13185	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018303	GCG	2	6	13216	13221	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_018303	CGG	2	6	13270	13275	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_018303	GCAC	2	8	13289	13296	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
62	NC_018303	TCG	2	6	13644	13649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_018303	AGT	2	6	13693	13698	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018303	GAC	2	6	13705	13710	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_018303	GTT	2	6	13786	13791	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018303	TCAT	2	8	13964	13971	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_018303	TC	3	6	14057	14062	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_018303	AGA	2	6	14097	14102	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018303	GAT	2	6	14174	14179	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018303	GCG	2	6	14416	14421	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_018303	AGC	2	6	14455	14460	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_018303	GCT	2	6	14484	14489	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_018303	GATC	2	8	14506	14513	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_018303	TTC	2	6	14563	14568	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_018303	CCG	2	6	14621	14626	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_018303	AC	3	6	14655	14660	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_018303	TTG	2	6	14678	14683	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018303	GTG	2	6	14738	14743	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018303	GGT	2	6	14756	14761	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018303	CCG	2	6	17035	17040	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_018303	ACC	2	6	17571	17576	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_018303	ACT	2	6	17609	17614	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_018303	AGC	2	6	17650	17655	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_018303	CGCC	2	8	17664	17671	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
85	NC_018303	CCCA	2	8	17853	17860	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
86	NC_018303	CAA	2	6	17904	17909	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_018303	GGA	3	9	17937	17945	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018303	TGC	2	6	20239	20244	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_018303	AGC	2	6	20276	20281	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_018303	CCGCT	2	10	20440	20449	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
91	NC_018303	CGC	2	6	20552	20557	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_018303	AT	3	6	20566	20571	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018303	GCTC	2	8	20600	20607	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
94	NC_018303	AAGGT	2	10	20622	20631	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018303	TGA	2	6	20784	20789	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018303	TTG	2	6	20918	20923	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018303	TTC	2	6	20970	20975	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_018303	CGT	2	6	21059	21064	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_018303	AC	3	6	21087	21092	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_018303	A	6	6	21131	21136	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018303	CA	3	6	21159	21164	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_018303	AAG	2	6	21184	21189	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018303	TGTT	2	8	23496	23503	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018303	GC	3	6	24510	24515	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
105	NC_018303	TCA	2	6	24536	24541	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_018303	TAC	2	6	24546	24551	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_018303	CTT	2	6	25243	25248	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_018303	GCTC	2	8	25253	25260	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
109	NC_018303	TGA	2	6	25273	25278	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018303	GGA	2	6	25661	25666	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018303	ACCATC	2	12	25725	25736	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_018303	GCG	2	6	25822	25827	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_018303	ATT	2	6	25856	25861	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018303	TCG	2	6	26111	26116	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_018303	AC	3	6	26120	26125	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_018303	CGG	2	6	26156	26161	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_018303	GTT	2	6	26188	26193	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018303	TGCCT	2	10	26217	26226	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_018303	AAATC	2	10	26296	26305	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_018303	TC	3	6	27357	27362	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_018303	TCT	2	6	27366	27371	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_018303	CCG	2	6	27375	27380	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_018303	CA	3	6	27441	27446	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_018303	CG	3	6	27608	27613	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
125	NC_018303	GGC	2	6	35287	35292	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_018303	TGA	2	6	35300	35305	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018303	CGG	2	6	35323	35328	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_018303	ATG	2	6	35337	35342	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018303	GCA	2	6	35357	35362	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_018303	GAT	2	6	36440	36445	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_018303	CG	3	6	36501	36506	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
132	NC_018303	CGG	2	6	36529	36534	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_018303	CGT	2	6	39135	39140	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_018303	GCGTC	2	10	39227	39236	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
135	NC_018303	ACAAAT	2	12	39341	39352	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_018303	CAGG	2	8	39384	39391	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
137	NC_018303	TCT	2	6	39419	39424	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_018303	GAA	2	6	39435	39440	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018303	CGC	2	6	39483	39488	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_018303	GTT	2	6	39528	39533	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018303	GAA	2	6	39543	39548	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018303	CT	3	6	39575	39580	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_018303	GCA	2	6	39593	39598	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_018303	AT	3	6	39612	39617	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018303	GCT	2	6	39803	39808	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_018303	ATA	2	6	39870	39875	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018303	GCAG	2	8	41202	41209	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
148	NC_018303	CT	3	6	42233	42238	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_018303	AGC	2	6	42247	42252	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_018303	GAA	2	6	43562	43567	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_018303	CGG	2	6	43578	43583	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_018303	TTG	2	6	43615	43620	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
153	NC_018303	TGG	2	6	43691	43696	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
154	NC_018303	GAC	2	6	43779	43784	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_018303	TGGT	2	8	43937	43944	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
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163	NC_018303	AAG	2	6	44969	44974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
164	NC_018303	CGG	2	6	44977	44982	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
165	NC_018303	ACG	2	6	45040	45045	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_018303	GAG	2	6	45377	45382	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_018303	CGGGC	2	10	45656	45665	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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172	NC_018303	CGA	3	9	45895	45903	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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174	NC_018303	GC	3	6	45944	45949	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
175	NC_018303	CGA	2	6	46133	46138	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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178	NC_018303	CGGAG	2	10	46190	46199	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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180	NC_018303	CGCC	2	8	46237	46244	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
181	NC_018303	GAAG	2	8	46268	46275	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
182	NC_018303	GCC	2	6	46488	46493	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
183	NC_018303	GCG	2	6	46562	46567	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
184	NC_018303	TGC	2	6	46579	46584	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
185	NC_018303	CGC	2	6	46598	46603	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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187	NC_018303	CG	3	6	47702	47707	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
188	NC_018303	GTT	2	6	47744	47749	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
189	NC_018303	GCA	2	6	47756	47761	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
190	NC_018303	GGC	2	6	47782	47787	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
191	NC_018303	GCC	2	6	47821	47826	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
192	NC_018303	GAC	2	6	47934	47939	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.